Верховный суд РФ (далее – ВС РФ) поставил окончательную точку в вопросе возможности вычета входящего НДС при ведении раздельного учета при УСН (определение ВС от 01.07.2019 № 306-КГ18-22222). 

 Существуют некоторые критерии, по которым организации и ИП не вправе применять вычет входного НДС:

- применение специального налогового режима в виде УСН (п. 2 ст. 346.11 НК РФ);

-получение освобождения от уплаты НДС (ст. 145 НК РФ). В этом случае входной НДС включается в стоимость приобретенных товаров, работ, услуг и имущественных прав (подп. 3 п. 2 ст. 170 НК).

ВС РФ рассмотрел следующую ситуацию: организация, применяющая УСН, вела раздельный учет и выставляла счет-фактуры контрагентам с выделенным НДС. Такая схема работы была разработана для покупателей, которые применяли общую систему налогообложения. В дальнейшем эта организация решила возместить входной НДС, но налоговый орган в вычете отказал.  ВС РФ подтвердил правомерность действий налоговой инспекции. Поскольку организация находилась на УСН, она не признавалась налогоплательщиком по НДС в соответствии с п. 2 ст. 346.11 НК РФ и применять налоговый вычет не имела право. При этом организация, не являясь плательщиком НДС, выставляла счета-фактуры с выделением суммы налога, это привело к возникновению обязанности перечислить в бюджет полученный от покупателей налог (подп. 1 п. 5 ст. 173 НК РФ).

Суд отметил, что возникновение в данном случае обязанности по перечислению в бюджет налога не означает, что выставившее счет-фактуру лицо приобретает в отношении таких операций статус налогоплательщика, в том числе право на применение налоговых вычетов. Такой же вывод еще в 2014 году сделал Пленум ВАС РФ в своем Постановлении от 30.05.14 № 33.